Los directorios típicos son los siguientes, aunque hay variaciones en las distintas distribuciones de linux:

• [/bin] ejecutables (Essential commands that everyone needs to use at any time)
• [/usr] A complex hierarchy of additional programs and files.
• [/usr/bin] normal user executables. The commands that aren’t essential for users but are useful
• [/sbin] (superuser core executables) The commands the system Administrator needs access to.
• [/usr/sbin] (superuser executables). The commands that aren’t essential for Administrators but are useful.
• Library files: (semi-equivalent to windows dll's) [/lib], [/usr/lib], etc.
• Configuration files: [/etc/]
• [/run/media] es en donde se montan las unidades portátiles, como el rígido externo y el pendrive

También se le puede preguntar al sistema dónde está instalado un paquete:

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$ whereis jekyll
jekyll: /home/diego/.rvm/gems/ruby-2.0.0-p353/bin/jekyll